Coopération interrégionale

La Région Franche-Comté fait partie de l'association des Régions françaises du Grand Est avec les Régions Alsace, Bourgogne, Champagne-Ardenne et Lorraine. Cette association doit permettre une approche commune d'actions à portée interrégionale.
A titre d'exemples, elle permet la coordination des politiques culturelles régionales, notamment dans le domaine du cinéma, la réalisation d'études sur le bois énergie ou le Grand Est universitaire. La Franche-Comté a pris la présidence de cette association en juillet 2009 à la suite de la Lorraine.